San Millán nació en Berdejo, en nuestra Diócesis de Tarazona en el año 417, hijo de un pastor. A los 20 años decide emprender la vida de los ermitaños y fue, más tarde, ordenado sacerdote por el obispo de Tarazona, Dídimo.
Sabedor el obispo Dídimo de Tarazona de sus virtudes, le nombró sacerdote de su villa natal, Berdejo, cargo que ejerció durante tres años. Otros clérigos le acusaron de malgastar los bienes eclesiásticos, dada su generosidad con los menesterosos, por lo que se apartó a las cuevas de Aidillo, lugar donde se construiría más adelante el Monasterio de Suso. Rápidamente se le unieron otros clérigos: Aselo, Cotonato, Geroncio, Sofronio, etc., incluso una mujer llamada Potamia, venida de Narbona. Este grupo iría incrementándose en lo sucesivo.
También existe la tradición de que fue clérigo de la catedral de Tarazona. San Braulio de Zaragoza escribió su biografía.
Alcanzó una gran popularidad con motivo de la batalla de Simancas, año 939, en la que el rey Ramiro II de León, el conde Fernán González de Castilla y García Sánchez I de Pamplona del reino de Pamplona-Nájera se enfrentan al califa cordobés Abd al-Rahman III.
Según la tradición, Santiago Apóstol acompaña a San Millán y ambos se aparecen en mitad del combate en defensa de los cristianos. San Millán fue elevado a patrono de castellanos y navarros comprometiéndose a pagar tributos; son los llamados «Votos de San Millán». Fernán González favorecerá enormemente al monasterio de San Millán con privilegios y donaciones. Por este motivo fue declarado patrón de los reinos de Castilla y Navarra y copatrón de España.